Ozon klora ve metil bromide olan ihtiyacı ortadan kaldırır. Böylece klorun yan etkileri engellenmiş olur. Ozon, suda tekrar oksijene dönüşerek yok olduğu için, üründe ve suda hiçbir yan ürün ve artık bırakmaz. Suyun oksijence zenginleşmesi ve çözünmüş oksijen miktarının artması söz konusudur. Ozon, ürünün tadında ve renginde bir değişiklik meydana getirmez, patolojik mikroorganizmalara karşı garanti sağlar ve ürünün raf ömrünü uzatır. 1m 3 'de balık yoğunluğu arttıkça enfeksiyon riskinin de arttığı bir gerçektir. Balıkların yaşam sürelerini mümkün olduğunca uzun tutmak için özellikle suda oluşan patolojik mikropların, sisteme girmemesi sağlanmalıdır. Bu durum aynı şekilde dolaşım ve süzme sistemleri içinde geçerlidir. Böylelikle sabit hacimde maksimum balık yetiştirilmesi sağlanır.
 

Suyun oksijen miktarının artması kültür havuzları için istenilen bir durumdur. Ozon kullanımı bu avantajı da beraberinde getirir. Protein skimmerlarda oksijen yerine ozon kullanımı skimmerların kapasitelerini 3 kat arttırmaktadır.

Uygun yetiştirme ortamını sağlamak amacıyla yosun yetiştiriciliğinde de ozon gazı kullanılmaktadır.
İşleme tesislerinde steril odalarda ortamın sterilizasyonun sağlanması ozon gazıyla yapılmaktadır.
İşletme genelinde organik maddelerden kaynaklanan kötü ve ağır kokuların gideriminde ozon uygulamaları yapılmaktadır.
 

Ozon klora nazaran bakterilerin hücre zarlarına karşı 51 kat daha etkili ve bakterileri öldürme hızı 3125 kat daha fazladır. FDA ve ADEC gıda işletmelerinde sanitasyon elemanı olarak ozon kullanımını onaylamıştır. FDA ozonun gaz ve su uygulama yöntemlerini gıda üstünde (kırmızı et, kümes hayvanları ve balıklar dahil) anti mikrop ajanı olarak kabul etmiştir. Elektrik Gücü Araştırma Enstitüsünün Ziraat ve Gıda Teknolojileri bölümünden Palo Alto'nun dilekçesine yanıt olarak FDA 26 haziran 2001' de ozonun bir gıda içeriği olarak kabulünü açıkladı. FDA ozonun ham ziraat ürünleri üstünde hazırlama, paketleme ve saklama aşamalarında içerik olarak kullanımını da kabul gördü.
 

İşleme tesislerinde personelin ve personel ekipmanlarının ozonlu su ile sterilizasyonu özel malzeme ve makineler kullanılarak yapılmaktadır. İşleme tesislerinde balık taşınmasında kullanılan kasaların sterilizasyonu için kasa yıkama makinelerinde ozon kullanılmaktadır. İşleme ve yetiştirme tesislerinde atık suyun ozon gazı ile arıtımı ve çevreye zararsız şartlara indirgenmesi ozon uygulamalarıyla yapılmaktadır. Bu uygulamada organik içerikli maddeler, biyolojik olarak çözünebilen zararsız maddeler haline getirilmektedir.